Γιαλονάδω Κοκκιλίων Κραναίας» και στα τέλη του 16ου αι. μεριμνά για τη μονή ο Θεόδωρος Πινιατόρρος, «ιερέας και πρωτοπαπάς» ο οποίος συνυπέγραψε αίτημα διακήρυξης του Αγίου Γερασίμου, ως μαθητής Του, κατά το 1620 περίπου.
29.5.1636 ο παπα-Φραγκίσκος Πινιατόρρος παρέδωσε ναό και περιουσία στους «οσιώτατον Ιερεμίαν Τζιτζιλιάνο και Ιωαννίκιον μοναχόν Κουρκούκλην» για να συστήσουν εκεί κοινόβιο.
Το 1655 ο μοναχός από την μονή Ξηροποτάμου Ιερεμίας Παιδιάτης μόνασε στην Κοκκιλιώτισσα κι ανέφερε ότι ο ηγούμενος αφιέρωσε τη μονή στο Άγιο Όρος. Ακολούθησαν δικαστικοί αγώνες. Κατά το διάστημα των αγώνων οι Πινιατόρροι παραχώρησαν το μονήδριον στον ιερέα Ζώσιμο Καραντινό με δικαίωμα να δίνει μια λαμπάδα. Δικαιώθηκαν τελικά δικαστικά οι Πινιατόρροι, την 1η Ιουλίου 1667 απαντά και πάλι στην κατοχή τους και στις 17 Ιουλίου καθίσταται μετόχι της μονής του Αγίου Ανδρέα επί ηγουμένου Ιωαννίκιου Πετρικού. Η προσήλωση αυτή πραγματοποιείται με την υποχρέωση η μονή να έχει εκεί μετοχιάριο (παραηγούμενο). Το διάστημα αυτό απαντούν «κυβερνήτες του μονηδρίου» διορισμένοι από τον ηγούμενο του Αγίου Ανδρέα οι: Ιερεμίας Τσιρακλιάνος, Ιωαννίκιος Κουρούκλης, Φιλάρετος Τρωιάνος.
Οι σεισμοί του 1767 και του 1867 προκάλεσαν ζημιές στο μοναστήρι. Επαναλειτουργούσε όμως και μάλιστα υπήρχε Αδελφότητα Μοναχών που διέμενε μόνιμα στα Κοκκίλια, καθώς στον Άγιο Ανδρέα η μονή ήταν γυναικεία.
Με τους σεισμούς του 1953 κατεστράφη μεγάλο μέρος της αγιογραφημένης εκκλησίας και ο Μητροπολίτης Γερμανός Ρουμπάνης συγκατένευσε στην επισκευή. Τις ιερές εικόνες, τα ιερά σκεύη και άμφια διέσωσαν οι καλόγριες του Αγίου Ανδρέα, ανάμεσα στις οποίες κι η σημερινή καθηγουμένη Ανδριανή. Η εικόνα της Θεοτόκου, έργο αγνώστου του 17ου αι., από τότε μέχρι σήμερα φυλάσσεται στην Ι.Μ. Αγίου Ανδρέα. Παναγία αριστεροκρατούσα, τύπου Γλυκασμός των Αγγέλων αντικατέστησε παλαιότερη εικόνα, ο δε μικρός Ιησούς κάθεται σε μαξιλαράκι από δαμασκηνό ύφασμα, σύνθεση που παρουσιάζεται σπάνια στην Κεφαλλονιά. Δυστυχώς καταστράφηκαν από τον σεισμό ολοσχερώς ο θρόνος με τους Αγγέλους και το εξαίρετο ξυλόγλυπτο τέμπλο.
Ο σεισμός του 1983 ήλθε επικουρικός του αφανισμού. Ερειπώθηκε ο ανατολικός τοίχος της εκκλησίας και η κόχη του Αγίου Βήματος όπου είχαν σωθεί μέχρι τότε σημαντικές αγιογραφίες. Οι πρόσφατοι σεισμοί τού 2014 γκρέμισαν τις πέτρες οι οποίες με προσοχή επανατοποθετήθηκαν και στερεώθηκαν.
Με πρόταση, οικονομική και παντοία στήριξη της Ουρανίας Κρεμμύδα, με κάθε είδους αμέριστη συμπαράσταση και επιμελή καθοδήγηση τού γνώστη των εκκλησιαστικών θεμάτων διευθυντή του Βυζαντινού Μουσείου Αγίου Ανδρέα κ. Κωνσταντίνου Στάβερη, με αρωγή της ηγουμένης Ανδριανής και των μοναστριών, και με βοήθεια μερίδας πιστών, κατασκευάσθηκε εκκλησία, τα θυρανοίξια τής οποίας πραγματοποιήθηκαν στις 10 Μαΐου 2014 με προεξάρχοντα τον μακαριστό Μητροπολίτη Κεφαλληνίας Γεράσιμο Φωκά. Πλήθος πιστών ακολούθησε την λιτανεία της ιεράς εικόνος της Θεοτόκου από το παλαιό καθολικό του Αγίου Ανδρέα προς τα Κοκκίλια, λιτανεία που πραγματοποιήθηκε και φέτος, στις 2 Μαΐου, με τον γέροντά μας.
Η Θεοτόκος είναι ιδιαίτερα αγαπητή στην Κεφαλλονιά κι οι εικόνες Της έχουν συνδεθεί με την ιστορία του νησιού γιατί, σε κρίσιμες ώρες, προσέφερε ελπίδα, βοήθεια, παρηγοριά, στήριξη, προστασία. Προσευχές, δεήσεις για διάσωση από καταστροφές και σεισμούς, για κάθε καλό και προκοπή, αναπέμπονταν στους ουράνιους θρόνους Της. Σε σπίτια παλαιών οικογενειών της Κεφαλλονιάς φυλάσσονται εικόνες Της, αλλά κι άλλες σε διάφορους ναούς λατρεύονται με πάνδημες λιτανείες και βαρύτιμα τάματα, αντίδωρα θαυμαστής πραγμάτωσης παρακλήσεων, όπως στον ναό στα Κοκκίλια.
Ευρυδίκη Λειβαδά